باشر السيد محمّد محمد صادق الصدر بتدريس الفقه الاستدلالي (الخارج) أول مرة عام 1978، وكانت مادة البحث من (المختصر النافع) للمحقق العلامة الحلي. وبعد فترة باشر ثانية بالقاء ابحاثه العالية في الفقه والاصول (ابحاث الخارج) عام 1990 واستمر متخذاً من مسجد الرأس الملاصق للصحن الحيدري الشريف مدرسة وحصناً روحياً لانه اقرب بقعة من جسد امير المؤمنين علي بن ابي طالب (عليه السلام).
مؤلفاته:
1 – نظرات إسلامية في إعلان حقوق الإنسان 2 – فلسفة الحج في الإسلام
3 – اشعة من عقائد الإسلام 4 – القانون الإسلامي وجوده، صعوباته، منهجه
:5 – موسوعة الإمام المهدي، صدر منها — – تاريخ الغيبة الصغرى
ب – تاريخ الغيبة الكبرى—- تاريخ ما بعد الظهور
د – اليوم الموعود بين الفكر المادي والديني— –ما وراء الفقه (موسوعة فقهية)، وهو عشرة أجزاء
فقه الأخلاق– – فقه الفضاء– – فقه الموضوعات الحديثة – حديث حول الكذب – بحث حول الرجعة
كلمة في البداء – الصراط القويم- منهج الصالحين – مناسك الحج – كتاب الصلاة – كتاب الصوم.
– أضواء على ثورة الإمام الحسين عليه السلام
– منّة المنان في الدفاع عن القرآن قد يصل إلى خمسين مجلدا
– منهج الاصول –
– التنجيم والسحر.
– مسائل في حرمة الغناء.
مخطوطاته:
رغم ما امتاز به السيد الصدرقدس سره من كتبه المطبوعة إلاّ انه لا تزال هناك جملة من كتبه المخطوطة تنتظر الطبع، منها:
1الجزء السادس من موسوعة الإمام المهدي بعنوان هل إن المهدي طويل العمر
بحث الخارجي الاستدلالي الفقهي حوالي 8 أجزاء2
دورة في علم الاصول على يد المحقق السيد الخوئي.
4 – بين يدي القرآن.
5 – دورة في علم الاصول على يد السيد أبي جعفر.
6 – مباحث في كتاب الطهارة الاستدلالي.
7 – المعجزة في المفهوم الإسلامي.
8 – مبحث في المكاسب.
9 – مجموعة أشعار الحياةديوان شعر
10 – اللمعة في أحكام صلاة الجمعة.
11 – الكتاب الحبيب إلى مختصر مغني اللبيب.
12 – بحث حول الشيطان.
13 – تعليقه على رسالة السيد الخوئي.
14 – تعليقة على كتاب المهدي لصدر الدين الصدر.
15 – سلسلة خطب الجمعة.
16 – فقه الكيمياء.
17 – وصيته.
18 – أجزاء باقي كتاب منهج الأصول.
19 – شرح كتاب الكفاية.
ومن خلال قائمة المؤلفات هذه تتضح بعض اهتمامات الشهيد الصدر الثاني بالفقه المعاصر وان كل مؤلف من هذه المؤلفات شكل قضية من القضايا وحاجة من الحاجات الملحة للكتابة فيها.
:اجازته في الرواية
له اجازات من عدة مشايخ في الرواية اعلاها من: آية الله حسن الطهراني المعروف بـ اغا بزرك الطهرانيصاحب الذريعة عن اعلى مشايخه وهو الميرزا حسين النوري صاحب مستدرك الوسائل، ومنهم وكذلك والده الحجة آية الله السيد محمد صادق الصدر وخاله آية الله الشيخ مرتضى آل ياسين وابن عمه آية الله الحاج اغا حسين خادم الشريعة وآية الله السيد عبد الرزاق المقرم الموسوي وآية الله السيد حسن الخرسان الموسوي وآية الله السيد عبد الاعلى السبزواري والدكتور حسين علي محفوظ وغيرهم.
الاعتقالات التي تعرض لها:
قام نظام صدام باعتقال السيد محمّد محمد صادق الصدر عدة مرات ومنها:
1 – عام 1972 قام النظام باعتقال السيد محمّد محمد صادق الصدر مع الشهيد السيد محمد باقر الصدر والسيد محمد باقر الحكيم رئيس المجلس الاعلى للثورة الإسلامية في العراق.
2 – وفي عام 1974 قام النظام باعتقال السيد محمّد محمد صادق الصدر في مديرية امن النجف وعندما احتج على سوء معاملة السجناء نقل الى مديرية امن الديوانية والتي كانت اشد ايذاء للمؤمنين من بقية مديريات الامن وقد بقي رهن الاعتقال والتعذيب النفسي والجسدي عدة اسابيع.
3 – عام 1998 قام النظام باستدعاء السيد محمد الصدر والتحقيق معه عدة مرات.
4 – عام 1999 قام النظام بالتحقيق مع السيد الصدر مرات عديدة وتهديده قبل اغتياله.